手足口病和疱疹性咽峡炎虽然病症有相似，但它们是同一类病毒里的不同种病毒所引发的两种不同的疾病。区别在于：
1、引发因素手足口病：引发手足口病的肠道病毒有20多种，其中以柯萨奇病毒A16型（AOXA16）和肠道病毒71型（EV71）最为常见。由后者引发的手足口病潜伏期短，容易产生重症。
疱疹性咽峡炎：主要是由柯萨奇A1-6、8、10、22病毒引起，偶尔也由其他肠道病毒所引起的疾病。特征为急性的发热和喉痛，在软腭的后部、咽、扁桃体等处可见红色的晕斑，周围有特征性的水疱疹或白色丘疹(淋巴结节)。大多数为轻型病例，有自限型(1～2周)。
2、发病位置手足口病：是由肠道病毒引起的传染病，多发生于学龄前幼儿，表现为口痛、厌食、低热、手、足、口腔等部位出现小疱疹或小溃疡。手足口病全年可见，从三月开始逐渐进入高发期。
疱疹性咽峡炎：是由肠道病毒引起的以急性发热和咽峡部疱疹溃疡为特征的急性传染性咽颊炎，以粪、口或呼吸道为主要传播途径。同一患儿可重复多次发生本病，系不同型病毒引起。
3、传染源手足口病：患者和隐形感染者均为本病的传染源。通常以发病后一周内传染性最强。(粪便排毒3～5周，咽部排毒1～2周)。
疱疹性咽峡炎：主要传染源是疱疹性咽颊炎患者及隐性感染者。
4、传播途径手足口病：肠道病毒可经胃肠道（粪、口途径）传播，也可经呼吸道（飞沫、咳嗽、打喷嚏等）传播，亦可因接触患者口鼻分泌物、皮肤或粘膜疱疹液及被污染的手及物品等造成传播。
疱疹性咽峡炎：可直接经由肠道、呼吸道传播，也可间接经污染的手、食品、衣服、用具等传播。
5、传染程度手足口病：具有传染性强、隐性感染比例大、传播途径复杂、传播速度快等特点，因而可以短时间内造成大范围的感染，疫情比较难控制。
疱疹性咽峡炎：传染性很强，传播快，遍及世界各地，呈散发或流行，临床以发热、咽痛、咽峡部黏膜小疱疹和浅表溃疡为主要表现。
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